Почитывал сегодня после обеда Хабра-трёп на тему "SQL vs NoSQL" и увидел ссылку на любопытную англоязычную статью про моделирование деревьев в рамках MySQL. Хотя сейчас подобные вещи предпочитаю делать на MongoDB, сама статья мне показалась любопытной и достойной попадания в личные закладки: http://mikehillyer.com/articles/managing-hierarchical-data-in-mysql/. Как я бегло глянул - там речь идет о Adjacency List Model и Nested Set.